Народное строительство Великой Ступы Джарун Хашор началось в 1915 году при Кижингинском дацане. Оно продолжалось в течение 4 лет и было завершено в 1919 году. Святыня была подобна Великой Ступе «Бодхнатх», находящейся вблизи города Катманду — столицы Непала. По легенде она была воздвигнута во времена Будды Кашьяпы в III веке до нашей эры.
В 1937 году Великая ступа была взорвана и разрушена до основания, также как и Кижингинский дацан.
Силами буддистов-мирян и общественности, при финансовой поддержке правительства Республики Бурятия новая ступа была воссоздана и освящена в октябре 2001 года. К 100-летнему юбилею ступу реконструировали.
