Известный актер снялся в более 60 фильмах и сериалах.Среди них одна из главных ролей в фильме «Хоттабыч». Образ древнего волшебника-джинна, созданный актером полюбился и запомнился миллионам россиян. В 2007 году актер получил за эту роль Кинонаграду MTV в номинации «Лучшая комедийная роль».Но славу Толоконникову принесла роль Полиграфа Полиграфовича Шарикова в фильме «Собачье сердце», который был снят по одноименной повести Михаила Булгакова.

В последние годы актер работал в Академическом театре русской драмы имени М. Ю.Лермонтова и параллельно снимался в кино.